A criação do Setor de Educação Especial (SEE) deveu-se à importância de encontrar caminhos institucionais que pudessem dar conta do atendimento a alunos do Colégio Pedro II que têm necessidades especiais. O setor ficou a cargo de uma docente com formação específica e com larga experiência no trabalho com tais alunos.

Compete ao setor:
· fazer o levantamento da legislação pertinente à matéria e sua aplicação na Instituição;
· mapear os trabalhos desenvolvidos pela Instituição no campo da Educação Especial;
· realizar o acompanhamento pedagógico dos alunos portadores de necessidades especiais, incluindo-os nas demais atividades do Colégio Pedro II;
· propor, elaborar e rever os convênios com entidades públicas e/ ou privadas, especializadas nessa forma de educação, de modo a subsidiar o trabalho dos profissionais da escola.

Em 2004, o setor fez o levantamento dos principais casos que necessitavam de atendimento especial em todas as Unidades Escolares, bem como das necessidades específicas desses discentes. Há uma grande diversidade de casos que já estão incorporados ao Colégio Pedro II, embora com enormes dificuldades. Em alguns, constatou-se a urgência em adaptações do ambiente físico; em outros, a carência é de pessoal em número e qualificação adequado ao trabalho com esses alunos; em outros ainda, é a família e o aluno que precisam ser acompanhados fora da escola.

Na Unidade Escolar São Cristóvão III, concentram-se os alunos com deficiência visual, provenientes do convênio com o Instituto Benjamin Constant.

De todo modo, é mister que haja formação e capacitação de docentes para o trabalho com alunos com necessidades especiais. Em 2004, alguns professores tiveram a oportunidade de participar de algumas jornadas pedagógicas no Instituto Helena Antipoff, a partir de contatos estabelecidos pela Chefe do SEE. Para 2005, estão sendo planejados o estabelecimento e a reestruturação de convênios que possam ampliar essa participação.

Ao longo do ano de 2004, o SEE esteve presente aos Conselhos de Classe das turmas nas quais havia alunos com necessidades especiais, acompanhando seu desempenho e auxiliando nas decisões. O contato com pais/ responsáveis, feito em conjunto com o SESOP, também foi freqüente.