O surgimento da disciplina de História no Brasil está fortemente vinculado ao Colégio Pedro II e sua contribuição na formação do Estado Monárquico do século XIX e na construção de uma determinada ideia de Nação. Os primeiros livros didáticos de História do país foram escritos por professores do Colégio Pedro II: "Compêndio da História do Brasil", de José Inácio de Abreu e Lima, publicado em 1843, e "Lições de história do Brasil para uso dos alunos do Imperial Colégio de Pedro II", de Joaquim Manuel de Macedo, publicado entre 1861 e 1863.
O Departamento de História do Colégio Pedro II busca o desenvolvimento de atividades que reafirmem a indissociabilidade do Ensino, da Pesquisa e da Extensão na Educação Básica. A participação de docentes e discentes de todos os níveis e modalidades de ensino são fundamentais no êxito e na amplitude dos objetivos do Colégio, tendo em vista o eixo principal dos trabalhos desenvolvidos pelo departamento na construção do conhecimento histórico.
O Departamento de História atua em nove campi do Colégio Pedro II, com atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão em:
* Segundo Segmento do Ensino Fundamental;
* Ensino Médio Regular, Integrado e Proeja;
* Programa de Residência Docente (especialização lato-sensu);
* Programa de Pós-Graduação em Ensino de História.
Os docentes do Departamento de História desenvolvem atividades de ensino, pesquisa e extensão em dois núcleos e dois laboratórios de pesquisa, com agenda de trabalho que agrega docentes e alunos de variados interesse:
* Núcleo de Pesquisa em Ensino de História - (NuPEH) instalado na sala do Departamento de História no Complexo de São Cristóvão;
* Núcleo Transdisciplinar de Humanidades - (NUTH) instalado no campus Engenho Novo II;
* Laboratório de Metodologia e Ensino de História - (LMEH) instalado na sala de História no campus São Cristóvão III;
* Laboratório de Humanidades - (LABHUM) instalado no campus Niterói.