O ingresso de estudantes ao Colégio Pedro II se dá por meio de Sorteio Público de vagas ou Processo de Seleção e Classificação de candidatos, conforme o nível de ensino e exclusivamente para os campi nos quais são disponibilizadas vagas:
Sorteio Público de vagas para turmas do Grupamento III (3 anos) ou Grupamento IV (4 anos).
Anos Iniciais do Ensino Fundamental:
Por meio de sorteio público de vagas para o 1º ano e 2º ano.
Anos Finais do Ensino Fundamental:
Processo Seletivo com provas de Matemática, de Português e Redação, para o 6º ano do Ensino Fundamental.
- 1ª série do Ensino Médio Regular (diurno e noturno): Processo Seletivo com provas de Matemática, de Português e Redação;
- 1ª série do Ensino Médio Integrado: Processo Seletivo com provas de Matemática, de Português, Redação e Conhecimentos Específicos (variável de acordo com o curso escolhido).
No Programa de Jovens e Adultos o ingresso ocorre mediante sorteio público.