O Conselho Superior (Consup) é órgão máximo do Colégio Pedro II, de caráter consultivo e deliberativo. O Consup é presidido pelo Reitor e possui em sua composição representantes do corpo docente, do corpo discente, do corpo técnico-administrativo, do Conselho de Dirigentes, um representante do MEC, egressos da instituição e responsáveis legais de estudantes.
O Consup realiza reuniões ordinárias a cada dois meses e reuniões extraordinárias quando convocado por seu presidente ou dois terços de seus membros.