O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (Conepe) é órgão de assessoramento consultivo processo decisório da Reitoria.
Presidido pela Reitora, possui em sua composição a Pró-Reitora de Ensino; a Pró-Reitora de Pós-Graduação, Pesquisa, Extensão e Cultura; os(as) Diretores(as)-gerais dos campi, os(as) Coordenadores(as)-gerais dos Departamentos Pedagógicos, a chefe da Seção de Orientação Educacional e Pedagógica e a Chefe da Seção de Educação Especial – NAPNE Geral.
O CONEPE realiza reuniões ordinárias mensais e extraordinárias, quando convocado pela presidência, ou por dois terços de seus membros.